海外にある当社の子会社の外国人社員を日本の本社に転勤させたいのですが、給料は全額日本の本社から支払わなければなりませんか？

「企業内転勤」なら、海外の子会社から給料が支払われても大丈夫です。ちなみに、「技術・人文知識・国際業務」の場合、日本の本社から支払われなければ認められません。